L'arrêt maladie ouvre droit à une indemnisation, mais le salarié ne perçoit pas, en général, l'intégralité de son salaire — du moins pas tout de suite, ni d'une seule source. Deux mécanismes se combinent : les indemnités journalières versées par la Sécurité sociale, et un complément payé par l'employeur. Le point, pour un salarié du privé, sachant que les règles diffèrent dans la fonction publique et pour les indépendants.
Les indemnités journalières de la Sécurité sociale
Première règle : un délai de carence de trois jours. Les indemnités journalières ne sont versées qu'à partir du quatrième jour d'arrêt — les trois premiers ne sont pas indemnisés par l'Assurance maladie. Encore faut-il avoir prévenu à temps : le salarié dispose de 48 heures pour transmettre son arrêt à sa caisse d'assurance maladie et à son employeur.
L'indemnité journalière correspond à 50 % du salaire journalier de base, calculé à partir des derniers mois de salaire. Mais ce salaire de référence est plafonné, et le seuil a baissé : depuis le 1er avril 2025, il est retenu dans la limite de 1,4 fois le Smic, contre 1,8 auparavant. L'indemnité est donc plafonnée — à 42,97 € bruts par jour pour les arrêts prescrits à partir du 1er juillet 2026, un montant revalorisé régulièrement avec le Smic. Pour les salaires élevés, l'écart avec le revenu habituel peut être marqué.
Le complément de salaire versé par l'employeur
La Sécurité sociale ne couvre donc qu'une partie du revenu : c'est là qu'intervient l'employeur. La loi l'oblige, sous condition d'un an d'ancienneté, à verser un complément qui s'ajoute aux indemnités journalières — mais après son propre délai de carence de sept jours, le maintien démarrant au huitième jour d'arrêt.
Les taux et les durées dépendent de l'ancienneté. De un à cinq ans, le salarié perçoit 90 % de son salaire brut pendant 30 jours, puis environ deux tiers (66,66 %) pendant 30 jours de plus. Ces durées s'allongent ensuite : 40 jours à chaque taux entre six et dix ans d'ancienneté, 50 jours entre onze et quinze ans, et ainsi de suite jusqu'à 90 jours à chaque taux au-delà de vingt ans. Beaucoup de conventions collectives sont plus favorables que ce minimum légal — maintien à 100 %, suppression du délai de carence employeur — d'où l'intérêt de vérifier l'accord applicable à son entreprise.
Dans bien des cas, l'employeur pratique la subrogation : il avance les indemnités journalières et le complément, puis se fait rembourser par la Sécurité sociale. Le salarié continue alors de toucher une paie sans attendre le versement de la caisse.
Les démarches et les contrôles
L'arrêt prescrit par le médecin doit être envoyé sous 48 heures ; les arrêts établis en ligne par le praticien sont télétransmis directement à la caisse. Pendant la durée de l'arrêt, le salarié est tenu de suivre le traitement, de se soumettre aux éventuels contrôles et de ne quitter son domicile que pendant les heures de sorties autorisées, sauf mention contraire du médecin.
Pour les arrêts qui se prolongent au-delà de six mois, des règles particulières s'appliquent, avec un suivi renforcé et, selon la pathologie, une prise en charge au titre d'une affection de longue durée. Le détail des montants à jour et un simulateur figurent sur ameli.fr ; les règles générales sont exposées sur service-public.gouv.fr.
